Важно отметить, что смена храмовых периодов не приводила к уничтожению или запустению прежних храмов, местное население продолжало использовать их для погребений, что указывает на значительную преемственность.
Среди получивших наибольшее распространение гипотез о причинах упадка мегалитических храмов Мальты следует выделить следующие: аридизация климата, гражданская война, иностранное влияние, истощение земли или других природных ресурсов Мальты или Сицилии.
Неясным для ученых остается и расцвет культуры периода мегалитических храмов. Так, на Мальте отсутствуют бесспорные доказательства того, что остров был обитаем в верхнем палеолите и мезолите. Неолит появляется здесь словно из ниоткуда — без предварительных фаз, при этом он включает в себя основные достижения цивилизации того времени: керамику, земледелие и скотоводство. Ранний (дохрамовый) неолит Мальты представлен пещерой Гхар-Далам, в которой древнейшие свидетельства неолита датируются 5400 г. до н. э.
И лишь недавно учеными была отмечена некая особенность в расположении храмов, которая способна пролить свет на загадку древних сооружений. В частности, археологами было обнаружено захоронение в виде кромлеха (кольца камней), расположенное в центре нескольких мегалитических храмов. В процессе исследования ученые заметили, что еще несколько захоронений архипелага находятся вблизи храмов.
В результате исследователи смогли сделать удивительно открытие — все храмовые комплексы островов подчинены одному принципу строительной системы, где могильное сооружение расположено в центре и храмы на некотором отдалении вокруг. Эта догадка позволит ученым организовать системные поиски новых, ранее скрытых, построек.
Кажется удивительным, что на таком плотно освоенном архипелаге, как Мальта, археологи до сих пор находят новые мегалиты, правда в достаточно плачевном виде. Дело в том, что многие из построек растаскивались на строительство в последующие времена, а некоторые мегалитические сооружения, по предположению ученых, находятся на застроенных территориях, и чтобы их обнаружить, нужны специальные исследования археологов.
Необходимо также сказать, что в последнее время ученые пришли к интереснейшему выводу. По мнению специалистов, мегалитические сооружения Мальты послужили прототипами мифологических Елисейских полей, где по представлениям древних греков обитают после смерти души любимых богами героев. Это царство мертвых, во многом аналогичное египетским полям Иалу, располагалось на острове к западу от Греции.
Ученые отмечают, что на проникновение европейцев на Мальту могут указывать встречающиеся после 3000 г. до н. э. одиночные случаи кремации, поскольку кремация часто служит одним из довольно достоверных индикаторов их появления в Европе. В частности, урновые кремации в цистах и дольменах, характерные для следующей фазы — некрополя Таршиена — указывают на проникновение на Мальту синтетической культуры Кастелуччо, содержащей как мегалитические (цисты, дольмены), так и индоевропейские (кремация) и балкано-дунайские (урны) элементы.
Специалисты установили, что в течение бронзового — раннего железного века Мальта пережила несколько волн миграции, в результате которых была утрачена преемственность с мегалитическими народами. Вполне вероятно, что именно с этими миграциями были установлены контакты со всем Средиземноморьем, в частности, с Египтом. Свидетельством проникновения на Мальту критского населения могут служить также сохранившиеся в античных источниках упоминания о завоеваниях Миноса на западе.
Таким образом, сегодня, благодаря работе археологов, ученым постепенно удается приблизиться к ответу на вопрос о том, кем и для каких целей были построены загадочные мегалитические сооружения Мальты.
