После оккупации Албании гитлеровскими войсками политическая ситуация в стране существенно изменилась. Германское руководство умело сыграло на националистических настроениях албанской элиты и изобразило Германию в качестве заступника албанцев и гаранта подлинной независимости албанского государства. Для этого немцы даже поспешили изменить название страны на Независимое государство Албания.
Главным органом управления страной стал Верховный регентский совет. В состав регентского совета немцы, стремясь завоевать симпатии всех албанцев, включили по одному представителю от каждой из четырех конфессиональных общин страны. Мусульман-суннитов представлял Фуат-бей Дибра — богатый албанский помещик, занимавший пост министра народного хозяйства в правительстве Мустафы Мерлики Круя во время итальянского господства.
Православную часть албанцев представлял Леф Носи — известный албанский бизнесмен, историк и фольклорист, один из участников провозглашения независимости Албании в 1912 году. Леф Носи всю свою жизнь успешно сочетал три сложнейших вида деятельности — политику, бизнес и науку. Будучи верующим православным христианином Константинопольского патриархата, Леф Носи мечтал об автокефалии Албанской православной церкви.
От албанских католиков в Высший регентский совет был включен Дом Антон Харапи — католический священник из ордена францисканцев, изучавший богословие в Риме, а затем возглавивший францисканскую миссию в Шкодере. Харапи был сторонником консолидации всех албанцев, вне зависимости от их религиозной принадлежности, и хотя сам был католическим священником, в равной степени благожелательно относился и к православным, и к мусульманам. Антон Харапи имел связи с партизанским движением во время итальянской оккупации Албании, поэтому многие албанские антифашисты восприняли его вхождение в прогитлеровский регентский совет с недоумением. Но Харапи подчеркивал, что сделал это исключительно из своего долга заботиться о католиках и других жителях Албании. Возглавил регентский совет известный политик Мехди-бей Фрашери. Он же представлял в совете четвертую влиятельную конфессиональную общину страны — суфийский тарикат Бекташийя. Поскольку Мехди Фрашери считался одним из наиболее авторитетных албанских политиков, ему доверили пост формального главы албанского государства в годы гитлеровской оккупации.
Пост премьер-министра Независимого государства Албания 4 ноября 1943 года занял богатый косовский помещик Реджеп Митровица (1887-1967) — известный деятель движения косовских албанцев. В годы итальянского правления Митровица находился в тюрьме как один из участников национально-освободительного движения Албании. Однако, гитлеровцы, предоставившие Албании формальную независимость, смогли склонить Митровицу на свою сторону. Поскольку Германия пообещала вернуть в состав Албании Косово, а также оказать поддержку планам по созданию «Великой Албании», Митровица принял сторону гитлеровцев. Он обратился к Национальному собранию, заявив, что итальянцы за время оккупации страны фактически уничтожили ее суверенитет и такие важнейшие институты как армию, полицию, жандармерию. Целью Независимого государства Албании, по мнению Митровицы, должно было стать «собирание» албанских этнических земель в рамках единой страны.
— Мидхат-бей Фрашери
Политическую поддержку режиму регентского совета и правительству Митровицы стал оказывать «Балли Комбетар» — «Национальный фронт». Эта крупнейшая албанская националистическая организация была основана в 1939 году и выступала за создание «Великой Албании», в состав которой должны были войти не только собственно Албания, но и Эпир, Косово и Метохия, Южная Черногория, Западная Македония. Идеологом «Балли Комбетар» был Мидхат-бей Фрашери (1880-1949) — брат Мехди-бея Фрашери, выходец из богатой албанской аристократической семьи. В молодости Мидхат Фрашер служил в османской администрации, поддерживал младотурков, одновременно участвуя в формировании албанского национального движения. В 1912 году Мидхат Фрашери, в числе других виднейших албанских политиков и интеллектуалов, подписал Декларацию независимости Албании. Затем он занимал посты министра образования, консула в Белграде, представлял Албанию на Парижской мирной конференции, .в 1922—1926 был послом Албании в США и Греции. В 1920-е годы Мидхат Фрашери отошел от политики и занимался книготорговым бизнесом. Он содержал книжный магазин, а его библиотека считалась крупнейшей в Албании. Однако, когда в 1939 году Албания была оккупирована Италией, Мидхат-бей вернулся к политической деятельности и инициировал создание Национального фронта — «Балли Комбетар», последователей которого стали называть «баллистами».
Национальный фронт выступил с оружием в руках против итальянских войск, стремясь добиться национального освобождения албанцев от итальянского господства и восстановления независимости страны. После обретения независимости «Балли Комбетар» рассчитывал соединить все земли, населенные албанцами, в «Великую Албанию». Стремясь придать своим политическим концепциям философское содержание, идеологи «Балли Комбетар» утверждали, что албанцы являются «арийцами — иллирийцами», высшей расой, которая должна установить господство на Балканах, освободившись от притеснений со стороны славян и греков.
В 1943 году некоторые представители руководства «Балли Комбетар» даже вступили в переговоры с командованием коммунистических партизан, пытаясь договориться о совместных действиях против итальянцев. Так, в контакты с коммунистами вступил командир одного из крупнейших отрядов «Балли Комбетар» Сафет Бутка (1901-1943), действовавший в районе Корчи. В прошлом преподаватель французского лицея, педагог и инициатор внедрения в албанские школы европейских методик организации учебного процесса, Сафет Бутка был пламенным албанским националистом. Самым страшным событием, по его мнению, могла быть только гражданская война между албанцами. Он даже утверждал, что покончит с собой, если албанец повернет оружие против албанца. 2 августа 1943 года «Балли Комбетар» и Национально-освободительная армия Албании, находившаяся под контролем коммунистов, заключили Мукьянское соглашение о взаимопомощи. Вместе с коммунистами баллисты даже обезоружили одно из итальянских подразделений, однако в сентябре 1943 г. договор был разорван. Между коммунистами и националистами начались боевые действия. Сафет Бутка, сдержав свое обещание, покончил с собой 19 сентября 1943 года. Этот трагический поступок символизировал начало нового периода в албанской истории — гражданской войны между коммунистами и националистами.
После формирования коллаборационистского правительства, баллисты превратились в его надежную опору и составили костяк вооруженных формирований прогитлеровского режима. Именно они в массе своей вступали в созданные гитлеровцами формирования — 21-ю дивизию войск СС «Скандербег», батальон «Люботен» и полк «Косово». Баллисты отметились в Косово, Сербии и Черногории, где жестоко расправлялись с сербским населением. Именно они несли основную нагрузку и в борьбе с коммунистическими партизанами. Еще в 1943 году, сразу же после освобождения Албании от итальянской оккупации, около тысячи этнических албанцев были приняты на службу в 13-ю горную (1-ю хорватскую) дивизию СС «Ханджар», личный состав которой комплектовался боснийскими мусульманами. Специальный представитель Гиммлера Йозеф Фитцхум выдвинул идею создания чисто албанского соединения войск СС, поскольку, по его мнению, албанской армии и полиции, находившимся под контролем «Балли Комбетар», не следовало доверять в полной мере. После долгих обсуждений германским руководством, в феврале 1944 г. Адольф Гитлер санкционировал создание албанской дивизии войск СС.
На 21-ю албанскую дивизию «Скандербег» возлагались обязанности по несению службы в Косово, борьбе с коммунистическими партизанами и «защите» албанского населения этого региона. Гитлеровское командование считало косовских албанцев более надежными, чем их соплеменников из самой Албании, поскольку косовары не хотели возвращения в состав Югославии и были крайне негативно настроены в отношении сербов, составлявших основу югославского партизанского антифашистского движения. Кроме того, косовары были мусульманами, что также, по мнению гитлеровцев, могло способствовать их большей надежности в противостоянии с партизанами. Командиром 21-й дивизии СС был назначен штандартенфюрер СС Август Шмидтхубер. Однако, гитлеровские генералы и офицеры, патронировавшие дивизию, вскоре стали выражать крайнее недовольство качеством албанского личного состава. Так, они отмечали неспособность албанских офицеров, командированных из албанской армии и жандармерии, к полноценному выполнению служебных обязанностей по причине их жадности и необучаемости. Личный состав дивизии был заинтересован в большей степени в геноциде сербов и евреев, чем в ведении боевых действий, и проявлял себя скорее в мародерстве и издевательствах над мирными жителями.
В самой Албании коллаборационистское правительство также приступило к развертыванию террора против инакомыслящих.
Его возглавил назначенный министром внутренних дел Албании Джафер Ибрагим Дева (1904-1978) — в прошлом крупный предприниматель — лесоторговец, известный албанский националист. Дева принимал самое активное участие в организации набора личного состава для дивизии «Скандербег». Опираясь на косоваров, он сформировал собственную гвардию, безжалостно расправлявшуюся с любыми оппозиционерами. Джафер Дева пропагандировал тотальный геноцид славянского, цыганского и еврейского населения на территории Албании. Однако, поскольку в самой Албании не был, в отличие от Косово, распространен столь радикальный этнический национализм, действия Джафера Девы вызывали все большее отторжение даже среди албанских националистов. Кроме того, исламистские позиции Девы вызывали неприятие со стороны албанских католиков и православных, что раскалывало националистическое движение в стране.
Однако, вооруженные формирования, подконтрольные «Балли Комбетар», в конечном итоге выглядели менее боеспособными, чем армия Национально-освободительного фронта, созданного коммунистами и антифашистски настроенной частью националистов. В течение 1943-1944 гг., пока продолжалась гитлеровская оккупация Албании, баллистам так и не удалось подавить антифашистское партизанское движение на территории страны. Успехам албанских партизан способствовала и активизация Народно-освободительной армии Югославии, которая вела достаточно эффективную партизанскую войну против гитлеровцев. НОАЮ выступала в качестве «старшего» партнера и союзника НОАА. Свою роль сыграло и наступление советских войск, из-за которого Германия была вынуждена перебросить на восток часть своих армейских соединений с Балканского полуострова, тем самым ослабив свое присутствие в Югославии и Албании.
Сторонники «Балли Комбетар» обвиняли албанских националистов, сотрудничавших с коммунистами, в предательстве национальных интересов и даже в проюгославских позициях. Однако, благодаря тому, что ряд авторитетных националистических деятелей приняли сторону Национально-освободительного фронта, все больше рядовых албанцев начинало симпатизировать именно борьбе НОАА, а не коллаборационистскому правительству «Балли Комбетар». Уже к осени 1944 года в Албании оперировали 24 бригады НОАА, ведшие успешные боевые действия против германских войск и формирований албанского правительства. На фоне продолжающегося вывода частей и соединений гитлеровской армии с территории Албании это фактически означало начало конца коллаборационистского правительства.
17 ноября 1944 года была освобождена Тирана, а спустя двенадцать дней германцы и часть коллаборационистов эвакуировались из Шкодера. Но, несмотря на вывод германских войск, часть вооруженных формирований албанских националистов продолжала вести боевые действия против НОАА. Часть «Балли Комбетар» после отхода гитлеровцев быстро сменила покровителей и переориентировалась на сотрудничество с англичанами, которые стремились не допустить победы коммунистов в Албании. Именно благодаря помощи британской и американской разведки многие видные коллаборационисты смогли покинуть Албанию и впоследствии обосновались на Западе, где благополучно доживали свои дни. Так, Джафер Дева в декабре 1944 года через Хорватию бежал в Великобританию. Он установил контакты с американской разведкой и продолжал заниматься подрывной деятельностью против Албании после прихода к власти в стране коммунистов. Стал сотрудничать с американцами и Аго Агай, возглавлявший в правительстве Реджепа Митровицы министерство экономики. Вместе с Джафером Дева бежал из Албании и глава правительства Реджеп Митровице.
С разгромом гитлеровской Германии и прекращением существования правительства коллаборационистов закончился второй этап в истории албанского фашизма. На территории самой Албании вооруженное сопротивление коммунистам фактически было подавлено в 1945 году, хотя некоторые разрозненные группы совершали вылазки до начала 1950-х годов. Однако, националистические организации страны продолжали существовать в эмиграции, установив тесные связи с американскими и британскими спецслужбами. В 1950-е — 1980-е годы их главной задачей стала борьба с коммунистическим правительством в Албании. Именно к этим структурам генетически восходит албанское националистическое движение в Косово, которое также развивалось при прямой поддержке западных спецслужб.
