Новый подтип ВИЧ обнаружили ученые из компании Abbott

С начала пандемии СПИДа 75 миллионов человек заразились ВИЧ, по данным на конец 2018 года, 37,9 миллиона являются ВИЧ-инфицированными. Чтобы контролировать пандемию и в перспективе победить СПИД, необходим мониторинг разнообразия вируса в глобальном масштабе. В работе, опубликованной вчера, описан первый случай идентификации нового подтипа ВИЧ-1, принадлежащего к группе М, с тех пор как в 2000 году были разработаны руководящие принципы классификации новых штаммов ВИЧ. Вирусы основной группы М ответственны за глобальную пандемию; до сих пор в ней выделяли 11 подтипов, с A до K.

Новый необычный вирус может считаться новым подтипом ВИЧ только при том условии, если известны три случая его независимого обнаружения. Первые два образца, которые могли быть отнесены к подтипу, отличному от известных, были обнаружены в Демократической Республике Конго в 1980-х и 1990-х годах. Третий, образец CG-0018a-01, получили в 2001 году в больнице недалеко от города Кананги (ДРК), в ходе исследования по профилактике передачи ВИЧ от матери ребенку. Геном вируса из-за его малого количества было сложно секвенировать методами того времени, однако полученные субгеномные последовательности указывали на то, что он тоже относится к предполагаемому подтипу L.

Сегодня технология NGS позволяет получать полные геномы быстрее и с меньшими затратами. Кроме того, исследовательская группа Abbott разработала новые методы пробоподготовки. Для исследования загадочного вируса были созданы метагеномные и ВИЧ-обогащенные (таргетное обогащение с помощью биотиновых зондов HIV-xGen) библиотеки; первая использовалась для поиска коинфекций. Секвенирование проводили на MiSeq (Illumina). В результате удалось получить полный геном ВИЧ-1 со средней глубиной покрытия 47,783x. Биоинформатический анализ показал также присутствие вируса гепатита В.

Геном ВИЧ-1 из образца CG-0018a-01 действительно оказался близок к двум ранее известным образцам. Отсюда можно сделать вывод, что подтип L начал распространяться в Конго не позднее 2001 года; не исключено, что он циркулирует и в других регионах.

«Выявление новых вирусов, таких как этот, похоже на поиск иголки в стоге сена, — говорит один из авторов работы Мэри Роджерс, ведущий исследователь и руководитель Глобальной программы эпиднадзора за вирусами, Abbott Diagnostics. —Развивая наши методы и используя технологии секвенирования следующего поколения, мы вытягиваем иглу с помощью магнита».

Компания Abbott, как один из лидеров в области скрининга и тестирования на инфекционные заболевания, 25 лет назад создала свою Глобальную программу эпиднадзора за вирусами, в том числе для мониторинга ВИЧ и гепатита, чтобы своевременно выявлять мутации и обеспечивать актуальность своих диагностических тестов. В сотрудничестве с медицинскими и академическими учреждениями компания собрал более 78 000 образцов, содержащих вирусы иммунодефицита и гепатита, из 45 стран, идентифицировала и охарактеризовала более 5000 штаммов, а также опубликовала более сотни научных статей.