Первый пилотируемый корабль новой модификации « » стартовал  7 июля 2016 года в 04:36 по московскому времени с площадки № 1 — «Гагаринский старт» космодрома Байконур. На нем отправился в космос экипаж очередной длительной экспедиции на МКС: космонавт Роскосмоса Анатолий Иванишин, астронавты ДжАКСА и НАСА Такуя Ониши и Кэтлин Рубинс, сообщил «Интерфакс».

Корабль выведен на орбиту ракетой-носителем «Союз-ФГ». Как сообщает «Роскосмос», через 9 минут после старта «Союз МС» отделился от третьей ступени ракеты-носителя и специалисты Главной оперативной группы управления российским сегментом МКС в Центре управления полетами (ЦУП) приступили к управлению его полётом.

Запуск должен был состояться в мае и переносился несколько раз, в том числе из-за проблем с программным обеспечением.

«Союз МС» («модернизированные системы») пришел на смену хорошо известному пилотируемому кораблю «Союз ТМА-М», сообщает ТАСС, но является своего рода промежуточной моделью. «Королёвская» РКК «Энергия» планирует создать многоразовый пилотируемый транспортный корабль «Федерация», чей возвращаемый аппарат уже демонстрировался на авиасалоне МАКС в Жуковском. За основу «Федерации» возьмут технические решения сегодняшнего дебютанта «Союза МС» и автоматического корабля «Прогресс МС», который начал летать в минувшем году.

А первый запуск «Федерации» запланирован на 2021 год, по крайней мере, этот срок называет утвержденная в марте Федеральная космическая программа России на 2016-2025 годы. В смене названий при желании можно проследить политическую историю: «Союзы» в конце 60-х стали детищем СССР, преемником которого является Российская Федерация. Смело продолжая эту логику, попробуем пофантазировать, что следущий корабль будет называться, например, «Евразия».

Внешне «Союз МС» мало изменился по сравнению с ТМА, но в нем обновлены практически все внутренние системы. Теперь благодаря улучшенной системе управления движением и навигацией меньше времени будет занимать обнаружение спускаемого аппарата по возвращении с орбиты на Землю. А новая командно-телеметрическая система, работая через спутники-ретрансляторы «Луч» позволяет поддерживать связь с кораблем в любой точке орбиты, а не только над территорией России, как прежде. А точнее — как в 90-е годы, поскольку еще ранее существовала Служба Космических Исследований Отдела Морских Экспедиционных Работ (СКИ ОМЭР) АН СССР , располагавшая большим научным флотом, позволявшим поддерживать связь с космическими аппаратами из различных районов мирового океана.

НИИ Точных приборов установил на «МС» модернизированную систему стыковки «Курс-НА» (новая активная), по сравнению с предыдущим поколением она вдвое легче и втрое экономичнее по энергопотреблению. Изменения коснулись также телевизионной системы для поддержания связи между кораблем и МКС, солнечных батарей, защиты от космического мусора и микрометеоритов.

Как ожидается, к российскому сегменту МКС корабль причалит 9 июля в 07:12 - сближение корабля с МКС происходит по двухсуточной схеме. Как пояснил на предстартовой пресс-конференции командир корабля, классическая двухсуточная 34-витковая схема сближения с МКС более надежна и лучше подходит для отработки систем корабля в первом, испытательном полете. Сближение корабля со станцией и причаливание к исследовательскому модулю «Рассвет» (МИМ1) планируется проводить в автоматическом режиме, под контролем российских членов экипажа МКС Алексея Овчинина и Олега Скрипочки, сообщает «Роскосмос».

Экспедиция МКС-48/49 продлится 115 суток. Командир корабля Анатолий Иванишин совершает свой второй полет в космос, японский космонавт Такуя Ониси и американка Кэтлин Рубинс оказались на земной орбите впервые.