Причина крушения, обозначенного в ЦУПе, звучит следующим образом:
«Прогресс МС-04» не вышел на орбиту из-за аварийного отключения двигателя третьей ступени ракеты-носителя «Союз-У».
Информационное агентство ТАСС со ссылкой на источник в ЦУПе сообщает, что на 382-й секунде произошло отключение двигателей третьей ступени, что привело к автоматическому отделению грузового корабля. Началась работы в режиме автономного полёта, включая развёртывание антенн и солнечных батарей. Однако заданного импульса было явно недостаточно для того, чтобы совершить выход на орбиту, что и привело к падению с одновременным разрушением корабля в атмосфере.
Ранее представлялась версия о том, что причиной крушения могли быть недоработки при сборке самого «Прогресса-МС04», однако в результате расследования эта версия не нашла своего подтверждения.
Через некоторое время после публикации ТАСС в ЦУПе вдруг заявили, что это не была официальная версия крушения, и что официальную придётся подождать...