В Советской Средней Азии шли реформы. Они уже начали приносить первые плоды. Строились национальные республики, создавались системы образования — от начальной до высшей школы, возникали первые признаки современного общества.
А в Афганистане тем временем победили традиционалисты. Как казалось многим — окончательно. Жившая в столице аристократия — потомки эмиров — признали Хабибуллу. Он не очень доверял пуштунской элите и опирался на своих бывших соратников по банде (в основном это были таджики), грабивших караваны, и на сводного младшего брата Хамидуллу, получившего титул наместника эмира и звание сердара. Наместник был карающей рукой правителя, и весьма жестокой.
18 февраля 1929 г. Хабибулла издал фарман о полном уничтожении реформ Амануллы — женщины должны были носить чадру, в общественных местах появляться в сопровождении родственников, мужчины носить бороду и т. п. Новый правитель поначалу соответствовал надеждам своих сторонников. Были закрыты светские школы, разрешалось обучение только мальчиков и только в религиозных школах. Уничтожались учебники, библиотеки и больницы, страна быстро покатилась назад в средневековье, управление перестало даже походить на централизованное, вне Кабула быстро воцарилась анархия. Иностранцы, включая специалистов и дипломатов, начали массовым образом покидать Афганистан. Самым безопасным способом эвакуации был воздушный транспорт.
Вскоре последовали и разочарования. Административная практика нового эмира стала вызывать недовольство. На юге страны уже после поражения Амануллы началось новое движение против Бачаи-Сакао. Во время борьбы за престол он обещал простить недоимки. Эмир отменил налоги и военную повинность, армия должна была формироваться добровольцами, которым платило жалованье деньгами и продовольствием государство. В результате в каждой провинции армия формировалась на свой лад. Уже к лету 1929 года около 30 млн рупий, накопленных Амануллой, были растрачены. Хабибулла попытался ввести в оборот напечатанные еще при Аманулле бумажные деньги (на 50 млн рупий). Указы грозили жестокими наказаниями отказавшимся принимать ассигнации, но из этого ничего не вышло. Эмир снова ввел налоги, и их начали собирать за 2−4 года вперед. Налоги стали продаваться на откуп влиятельным лицам, которые могли их собрать.
Злоупотребления нового режима и инфляция быстро привели к потере популярности противника реформ. В Кабуле, жителей которого так и не удалось полностью разоружить, росло недовольство. Грабеж и террор после первых дней победы так и не были прекращены. Хабибулла категорически не устраивал пуштунов, считавшихся главным народом Афганистана. Они поддержали вернувшегося из Парижа Мухаммед-Надир-хана. Он получил финансовую поддержку со стороны британских властей. Уже 23 мая 1929 года генерал прибыл в Пешавар. Надир по происхождению принадлежал к двум соперничающим династиям, обе были пуштунского происхождения. Он был героем третьей англо-афганской войны, в правление Амануллы не согласился участвовать в карательных экспедициях против пуштунов. Это делало его чрезвычайно удобной фигурой для объединения пуштунских племен. С их помощью Надир начал борьбу с Хабибуллой, которого провозгласил узурпатором.
Летом 1929 г. в районе Бадахшана активизировался Ибрагим-бек, который собирал отряды и готовил базы для вторжения на территорию СССР. В этот момент курбаши вызвал большой интерес британской разведки, которая склонна была высоко оценивать перспективы басмачей. Впрочем, в сколько-нибудь значительную поддержку этот интерес так и не перерос. С другой стороны, советское командование упредило противника. В июне 1929 года Красная армия провела еще один рейд по пограничным провинциям Афганистана, в ходе которого было разгромлено несколько отрядов басмачей, уничтожено несколько баз, ликвидированы некоторые видные руководители и идеологи бандитского подполья на территории СССР, укрывшиеся в Афганистане. Явно опасаясь повторения удара по Мазари-Шарифу, Хабибулла дал распоряжение о запрете каких-либо действий против Советского Союза. Часть всадников покинула Ибрагим-бека. Тем временем в ходе боев большая часть ополчений эмира разошлась по домам. Казна была пуста, как и кабульские арсеналы. 14 октября 1929 г. Надир вошел в Кабул. Столица была разграблена ополчениями пуштунов, только советское полпредство и иранское посольство избежали разгрома.
Эмир-фундаменталист был свергнут. Новым эмиром стал Надир-шах. Бачаи-Сакао пытался бежать, но 22 октября был схвачен и привезен в столицу. Надир-шах обещал ему прощение, но суд высших сановников страны приговорил пленных к смерти. Утром 1 ноября Хабибулла был повешен вместе с братом и 11 ближайшими соратниками. Афганистан по-прежнему оставался политически нестабильным, СССР по-прежнему покровительствовал проживавшему в эмиграции в Италии Аманулле-хану, но более необходимости активного вмешательства в афганские дела не было. Почти сразу же после прихода к власти Надир-шаха новый режим был признан советским правительством. Ибрагим-бека новый эмир воспринимал как активного сторонника Хабибуллы, и поэтому Надир-шах направил своего военного министра Шах-Махмуд-хана в поход на север страны, с целью приведения её в покорность. Местное население оказало сопротивление, но вскоре отряды афганцев взяли верх. Летом 1930 года крупные подразделения басмачей вновь попытались осуществить вторжение на советскую территорию и вновь были разбиты и рассеяны.
20 марта 1931 года банда Ибрагим-бека — до 2 тыс. сабель — перешла реку Пяндж и вторглась в Таджикистан. Этот набег не был внезапным. Афганские власти предупредили об угрозе вторжения с неподконтрольной им территории, хорошо сработала и агентурная разведка ГПУ. Детальная информация была получена за две недели до набега, что дало возможность подготовиться. С Ибрагимом шли лучшие кадры басмачей, но они потерпели поражение. Советская политика в Таджикистане была нацелена на получение массовой поддержки. В 1928—1929 гг. 53% дехканских хозяйств было освобождено от выплаты сельскохозяйственных налогов. Автономная республика была полностью дотационной — в 1924—1925 гг. 60% её бюджета пополнялось дотациями центра. В 1926—1927 гг. эта цифра составила свыше 90%, в 1927—1928 гг. — свыше 70%. Общий объем дотаций за 1927−1928 гг. составил 6547,4 тыс. рублей. В республике разворачивалось массовое культурное строительство, с 1924 по 1928 гг. резко, более чем в 4 раза, повысилось потребление местным населением мануфактуры, чая, сахара и т. п. Все это не осталось незамеченным.
8 апреля 1931 года Ибрагим-бек издал воззвание «Ко всем братьям татарам, казахам, армянам, русским, узбекам, таджикам и другим народам», призывая их восстать против Советской власти и выступить на его стороне, так как его поддерживают Афганистан и Англия. Курбаши ждало разочарование. В ходе набега 1931 г. четко проявилось отсутствие поддержки басмачей со стороны местного населения. Значительная масса крестьянства оставалась нейтральной, хотя были случаи перехода на сторону банд даже и бедных дехкан, которые считались опорой советского строя. С другой стороны, многие крестьяне открыто заявляли о своем нежелании реставрации старого строя. Они вступали в отряды «краснопалочников», то есть вооруженных чем попало отрядов самообороны, и активно сотрудничали с пограничниками и представителями партийной, советской власти и армии. На борьбу с прорывом басмачей были брошены национальные части Красной армии — активно действовал Узбекский кавалерийский полк, выходы из Таджикистана в Алайскую долину и к китайской границе перекрыл Киргизский кавалерийский дивизион.
Костяк главной банды составлял 600−800 человек, вместе с ней действовали более мелкие группы. Вооружение басмачей было разномастным, частично оно было отбито у афганцев — английские, русские магазинные винтовки, берданки. 8 апреля 1931 года в Найзабулаке пулеметный эскадрон из 50 человек при 7 пулеметах остановил движение основной группы Ибрагим-бека и разгромил её. Самолеты помогали преследовать басмачей, разбрасывали листовки с призывами сдаваться. Тем временем развивалось народное движение сопротивления, о масштабе поддержки можно судить о количестве добровольцев — только весной 1931 года «краснопалочниками» стало более 50 тыс. человек. На Ибрагим-бека самое удручающее впечатление произвел тот факт, что против него действовали местные национальные части. В отряды курбаши и в пограничные кишлаки отправлялись представители родственников и земляков басмачей с призывами сдаваться. Эта пропаганда имела успех. В бандгруппах явно наметились признаки разложения.
За два месяца 1931 года было убито 1548 басмачей, добровольно сдалось 1502 человека, из них 59 курбашей, и 229 басмачей было захвачено в плен. В конечном итоге все это вместе взятое и предопределило судьбу Ибрагим-бека. Его банда была разгромлена при активной поддержке местного населения. После неудач курбаши колебания дехкан были преодолены, и они перестали присоединяться к его отрядам. 23 июня 1931 г. сам Ибрагим-бек вместе с секретарем и охранником был схвачен чекистами при помощи колхозников-добровольцев во главе с Мукумом Султановым и передан представителям ОГПУ. Пленный был доставлен в Ташкент и после допросов с 10 по 26 июля 1931 года предан суду трибунала. 31 августа 1931 года курбаши был расстрелян. Это была серьезная победа, с лета 1931 года положение в Таджикистане начало резко меняться к лучшему, хотя небольшие банды продолжали действовать здесь до 1933 года.
24 июня 1931 года сроком на 5 лет в Кабуле Афганистан заключил с Советским Союзом договор о ненападении. Договор оговаривал обязательства договаривающихся сторон не вмешиваться во внутренние дела друг друга. Кроме того, они не должны были поддерживать военные и иные недружественные действия против каждого из участников договора. Надир-шах предпринял ряд мер по уничтожению баз басмачей на севере Афганистана, их лидеры вынуждены были покинуть эту страну. Договор 1931 года был пролонгирован в 1936 году до марта 1946 года. В мае 1936 года Афганистану был предоставлен свободный транзит для торговли через советскую территорию. Торговые соглашения были скорее демонстрацией готовности поддерживать добрососедские отношения, экономическое их наполнение было чрезвычайно невелико. Сколько-нибудь заметного значения советско-афганская торговля не имела. Советский экспорт в Афганистан в 1931 году составил 40 159 тыс. рублей, в 1932 г. — 50 792 тыс. руб., после чего стал резко сокращаться, достигнув в 1936 году 12 952 тыс. руб. В 1939 году эти показатели опустились до 7626 тыс. руб., а в 1940 — до 5321 тыс. руб. Показатели импорта из Афганистана были еще более скромными. В 1931 году они составили 40 479 тыс. руб., в 1932 г. — 41 061 тыс. руб., после чего также начали сокращаться, достигнув в 1936 году 17 533 тыс. руб., а в 1939 году — 6289 тыс. руб., немного повысившись в 1940 году до 7358 тыс. руб.