История возникновения этого войска очень интересна. В 1775 г., после разгрома Запорожской Сечи, часть казаков перешла в подданство турецкого султана. В 1778 году султан Османской империи решил воспользоваться казаками и сформировать из них казачье войско, выделив им поселок Кучурганы (ныне Украина, Одесская область) на нижнем Днестре. Но началась Русско-турецкая война 1787—1792 гг., которая разделила казаков. Часть казаков вернулась в Российскую империю, где они были приняты в Войско Верных Запорожцев, позже Черноморское казачье войско, а часть осталась верна султану. После войны Бессарабия перешла в состав России. И султан выделил оставшимся преданным ему казакам новую землю в дельте Дуная, где была построена сечь Катерлец.
Новая сечь была расположена рядом с поселком некрасовских казаков. Отношения запорожцев с некрасовцами не сложились, и в 1794 году некрасовцы разгромили запорожцев и сожгли Катерлец. Султан выделил новую землю запорожцам, но на Дунае. Но на этом метания из стороны в сторону бывших запорожцев не закончились.
С началом очередной русско-турецкой войны на сторону России в 1828 году перешло из Задунайской Сечи около 2 тыс. казаков. Бежавшие принесли с собой военную канцелярию, походную церковь, казну, флаги, атрибуты власти — бунчук и булаву. С этими атрибутами переход приобретал силу возвращения казацкого коша в пределы российского государства. Возглавлял этих казаков атаман Осип Гладкий. Император Николай I лично помиловал казаков, сказал: «Бог простит вам, Родина простила вас, и я прощаю».
Казаки хорошо показали себя в боях. Особо войско отличилось, участвуя в штурме Исакчи, десять казаков были награждены Георгиевскими крестами. Первоначально войско называлось Отдельным Запорожским войском. В течение пяти лет Отдельное Запорожское войско оставалось без конкретного места поселения, четко определенных военных функций и статуса. По окончании русско-турецкой войны было решено перевести казаков на западный Кавказ в район р. Кубань, где казаки обеспечивали бы охрану границ империи. Атаман Гладкий был откомандирован туда для выбора земель для поселения. Атаман выбрал околицы Анапы. Однако в связи с малочисленностью казаков и слабым знанием местности, слабым их материальным положением было принято решение поселить войско в Александровском уезде Екатеринославской губернии и назвать его Азовским казачьим войском. Войско жило по положению, определенному для донских казаков. Но интересный факт: земельные наделы рядовых азовцев равнялись 10 гектарам, а донцев — 30. Численность Азовского казачьего войска в 1835 г. составляла около 6 тыс. человек (с семьями). На основании положения об Азовском войске казачьем войско выставляло: морской батальон, пеший полубатальон и команды для малых судов (около 30 мелких судов). В мирное время казаки занимались в основном борьбой с контрабандистами и отражали набеги черкесов.
Казаки принимали участие в Крымской войне 1853-56 гг. Главной задачей казаков в этой войне была охрана побережья Азовского моря, с которой казаки с честью справились, сумели противостоять англо-французской эскадре вторжения, состоявшей из 57 кораблей, и не дали возможности десанту высадиться и причинить Приазовью существенный урон. За это войску было пожаловано георгиевское знамя "За храбрость примерную службу в войну против французов, англичан и турок в 1853, 1854, 1855 и 1856 годах". После войны казаки продолжали нести пограничную службу.
Но основной задачей казачьих войск в то время была охрана границ империи. Поэтому размещение казачества вдали от границ, среди мирного населения, по мнению российских чиновников, было неоправданным.
11 октября 1864 года войско было упразднено. Все офицеры были причислены к дворянскому сословию и получили земельные наделы. Основная часть казаков и их семей была переселена на черноморское побережье в окрестности Анапы. Те, кто не пожелал переселиться, были обращены в мещанское или крестьянское сословие. Все регалии Азовского войска казачьего были переданы на хранения в Кубанское войско казачье.
Так закончилась история одной части некогда очень грозного Запорожского войска казачьего.