Россия, Австро-Венгрия и Пруссия сохраняли возможность контроля над ситуацией в «вольном городе» и через участие в его органах управления. Законодательная власть в Кракове принадлежала Собранию представителей, а исполнительную осуществлял Сенат из 12 человек. В состав Сената входили не только делегаты от Собрания представителей и Ягеллонского университета — авторитетнейшего в Восточной Европе учебного заведения, но и уполномоченные от трех государств — попечителей — Российской империи, Австро-Венгрии и Пруссии. Председатель Сената, хотя по конституции Кракова и не обладал единоличной властью, но в действительности сосредоточил в своих руках достаточно большие полномочия и обладал реальными рычагами влияния на городское управление. На этой должности был утвержден Станислав Водзицкий, прежде занимавший пост префекта департамента Кракова. Его кандидатуру лоббировал обладавший определенным влиянием на польскую политику Адам Ежи Чарторыйский — бывший министр иностранных дел Российской империи.
История относительно кратковременной политической автономии Кракова сопровождалась противоборством соперничающих «партий», представлявших интересы аристократии и «третьего сословия». Станислав Водзицкий (на портрете), возглавивший Сенат, выражал интересы именно аристократических кругов. Монархически настроенные краковские аристократы рассчитывали, что город рано или поздно войдет в состав Царства Польского. Эту позицию не разделяли представители «третьего сословия» — краковских предпринимателей и интеллигенции, в том числе и руководители Ягеллонского университета, пользовавшиеся большим авторитетом в городе. Напомним, что Ягеллонский университет, древнейший в Польше, был основан еще в 1364 году и всегда рассматривался как один из символов польской национальной идентичности.
Для либералов, представлявших интересы «третьего сословия», более предпочтительным будущим города казалось сохранение им статуса демократической республики с дальнейшим укреплением автономии. Однако, несмотря на декларируемые демократические позиции, либералы тесно сотрудничали с Пруссией, которая была заинтересована в торговле с Краковом и рассчитывала через поддержку либеральной «партии» оказывать влияние на политику городской власти.
Стремясь ограничить своих соперников из Собрания представителей в реальном влиянии на городскую политику, председатель Сената Водзицкий взял практику обращаться к российскому императору за поддержкой. Эта позиция Водзицкого привела к росту общественного недовольства его деятельностью на посту руководителя Сената. В 1820 г. прошла массовая демонстрация студентов Ягеллонского университета, что ухудшило отношения между университетским руководством и председателем Сената. В 1821 г. власти раскрыли деятельность нелегальной студенческой организации «Белый орел», после чего Водзицкий лично обратился к государствам — попечителям и добился ограничения университетской автономии. Этим он рассчитывал избавиться от опасного конкурента — ректора университета Валенты Литвинского. Но такой демарш против университета — гордости Кракова способствовал лишь окончательной дискредитации Водзицкого и его политического курса в глазах подавляющего большинства жителей города. В 1826 году над университетом был установлен кураторский контроль, а руководить кураторами назначили генерала Юзефа Залусского, который приступил к «чисткам» университета от либерально настроенной профессуры. Вместе с тем, деятельность Залусского на этом посту не следует оценивать однозначно — он не только увольнял неблагонадежных профессоров, но и приглашал на работу преподавателей из других городов, а также открыл в Кракове Технический институт.
В 1827 г. Станислав Водзицкий проиграл очередные выборы на должность председателя Сената. На этот пост был избран Юзеф Никорович, занимавший до этого должность председателя апелляционного суда и считавшийся выразителем интересов «третьего сословия» и человеком либеральных взглядов. Такой поворот событий не мог удовлетворить консервативную элиту Кракова, в результате чего «аристократы» покинули заседание Сената. В начинающийся политический кризис вмешались представители государств — попечителей, которые распорядились оставить Станислава Водзицкого на посту председателя Сената, а Собрание представителей распустили. Так был нанесен первый удар по реальной автономии Краковской республики.
В 1828 году по инициативе российских дипломатов был создан Эпурационный комитет в составе самого Станислава Водзицкого и еще троих пророссийских сенаторов. Водзицкий при поддержке России делал все возможное для отстранения либерально настроенных политиков, включая и профессоров Ягеллонского университета, от участия в управлении «вольным городом». Такая политика Водзицкого вполне удовлетворяла интересам Российской империи, стремившейся установить более плотный контроль над Краковом. В Петербурге прекрасно понимали, что если Краков не попадет в российскую сферу влияния, то рано или поздно окажется либо под управлением Пруссии, либо в составе Австро-Венгрии.
Когда в ноябре 1830 г. в Царстве Польском вспыхнуло народное восстание, подъем национального движения начался и в Кракове. Сначала «вольный город» превратился в основной центр внешней поддержки восставших в Царстве Польском, а затем восстание распространилось и на Краков. Молодые радикалы во главе с Яцеком Гудрайчиком арестовали Станислава Водзицкого и заставили его покинуть Краков. В город вернулись многие прежде покинувшие его либералы. Однако, в сентябре 1831 г. в Краков вошли русские войска под командованием генерала Федора Васильевича Ридигера. Корпус Ридигера оставался в Кракове на протяжении двух месяцев, разгромив остатки польских повстанцев.
Ноябрьское восстание и последовавшая длительная война против повстанцев способствовали дальнейшему ужесточению политики и Российской империи, и Австро-Венгрии в отношении Краковской республики. Российские власти разочаровались в краковской элите, которая во время восстания оказывала поддержку повстанцам. Учитывая, что к этому времени между Россией, Пруссией и Австро-Венгрией уже существовали союзнические отношения, были произведены корректировки и в распределении сфер влияния трех государств. Российская империя уступала приоритет в контроле над Краковской республикой Австро-Венгрии. 14 октября 1835 года в Берлине представители России, Пруссии и Австро-Венгрии подписали секретный документ, в соответствии с которым Краковская республика подлежала оккупации в случае активизации в ней польских национально-освободительных движений. Предполагалось практически всю территорию Краковской республики передать Австро-Венгрии, которой теперь предстояло, в случае обострения ситуации, играть ключевую роль в установлении «порядка» на территории Кракова и его окрестностей.
В 1836 г. в Краков снова были введены войска государств — попечителей. Поводом к этому послужило убийство польскими националистами российского агента Бегренса-Павловского. Хотя под давлением Англии и Франции Россия и Пруссия, в конце концов, вывели из Кракова свои войсковые соединения, австро-венгерская армия осталась в Краковской республике до 1841 года. Австро-венгерское командование при участии российских и прусских офицеров приступило к реорганизации краковской полиции и милиции (ополчения). На командные и руководящие должности в силовых структурах «вольного города» были назначены лояльные к государствам — попечителям люди. Милицию возглавил австрийский офицер Гохфельд, а полицию — австрийский офицер Франтишек Гут.
Руками обновленной полиции Австро-Венгрия установила в Краковской республике жесткий полицейский режим. Однако, Англия и Франция продолжали требовать от Австро-Венгрии вывода войск с территории Краковской республики и соблюдения решений Венского конгресса. В конце концов, 21 февраля 1841 г. Вена все же отдала приказ своим войскам покинуть Краков. Но даже после вывода австро-венгерских войск реальная власть в городе оставалась в руках проавстрийских политиков, опиравшихся на реорганизованную австрийцами городскую полицию.
Сложившаяся в Кракове ситуация совершенно не удовлетворяла польских националистов, которые стремились к восстановлению независимого польского государства. Как и в других польских областях, в Кракове продолжали действовать подпольные национально-освободительные группы. В январе 1846 года был создан Национальный Совет Польской Республики, в который вошли Кароль Либельт, Ян Тыссовский и Людвик Гожковский. Под его руководством польские патриоты должны были поднять очередное восстание, однако российские и прусские власти успели упредить повстанцев и сумели арестовать значительную часть заговорщиков еще до предполагаемого начала выступления. Таким образом, восстание ограничилось только территорией Краковской республики. Оно началось в ночь с 21 на 22 февраля 1846 года. В Кракове начались уличные бои, в результате которых вошедший в город небольшой австрийский отряд был вынужден покинуть его территорию. Столкновения с австрийскими войсками начались и в окрестностях Кракова, к городу направлялись отряды польских повстанцев из других населенных пунктов.
22 февраля 1846 г. Краков был полностью освобожден от присутствия австрийских войск. В городе было учреждено польское правительство во главе с Яном Тыссовским — польским политиком-националистом, ветераном восстания 1830-1831 гг. 24 февраля Тыссовский провогласил себя национальным диктатором, а во главе правительства поставил своего соратника Людвика Гожковского.
Секретарем Тыссовского стал 24-летний Эдвард Дембовский (на портрете) — философ и литературный критик, считавшийся одним из идеологов польского восстания. Под его руководством в Кракове началось издание революционно-демократической литературы, появились молодежные революционные кружки. Политикой Тыссовского и Дембовского были очень недовольны консервативные круги краковских аристократов, опасавшиеся радикальных преобразований в жизни республики. 25 февраля они даже попытались свергнуть Тыссовского, но мятеж консерваторов был быстро нейтрализован революционными повстанцами под руководством Дембовского.
Несмотря на грандиозные планы, из-за недостатка оружия, восстание было изначально обречено на поражение. 26 февраля 1846 г. произошел единственный крупный бой австрийских войск под командованием полковника Лайоша фон Бенедека (на портрете) с краковскими повстанцами. Примечательно, что на стороне австрийцев выступили крестьяне окрестных сел. Стремясь переубедить крестьян, навстречу австрийским войскам вышел с крестным ходом Эдвард Дембовский. Австрийские солдаты открыли по крестному ходу огонь, в результате которого Дембовский был убит. Краковское восстание потерпело поражение. Повстанческие отряды под командованием Яна Тыссовского покинули город и отступили на территорию Царства Польского. Чуть позже российские власти, арестовавшие Тыссовского, выдали его Пруссии. Краковские консерваторы, сформировавшие Комитет безопасности, надеялись передать власть в городе представителям Российской империи, так как были негативно настроены к Австро-Венгрии после того, как австрийцы спровоцировали галицийских крестьян выступить против польской шляхты и устроить «Галицийскую резню».
3 марта 1846 г. в Краков вошли российские экспедиционные войска, во главе которых опять находился генерал от кавалерии и генерал-адъютант Федор Ридигер, командовавший 3-м пехотным корпусом. Однако, Российская империя уже давно приняла решение о передаче всей полноты власти над Краковом Австро-Венгрии. Поэтому 7 марта 1846 г. в город вошли подразделения австро-венгерских войск. Австрийский генерал граф Кастиглионе принял власть над городом от российского командования. Краковский Сенат прекратил свое существование, а вместо него управление городом было передано в руки вновь сформированного Административного совета.
15 апреля 1846 г. представители государств — попечителей встретились в Вене, где было подписано соглашение о передаче Кракова и окрестных территорий под управление Австро-Венгрии. «Вольный город» преобразовывался в Великое княжество Краковское в составе Австро-Венгерской империи. Несмотря на протесты со стороны Англии и Франции, прекращение существования «вольного города Кракова» стало реальностью. 16 ноября 1846 г. он был окончательно включен в состав Австро-Венгерской империи и оставался под управлением Австро-Венгрии вплоть до поражения в Первой мировой войне и прекращения ее существования. Тем не менее, тридцатилетнее существование «вольного города Кракова» стало особой страницей в истории Польши периода ее раздела.